主控室是分臺的心臟所在，其主要任務是將所有在分臺製作的節目，經過『節目排程系統』排播處理之後才能播送。臺東分臺的節目是全年365天，每天24小時不間斷的播出，為了維持節目正常播出，主控室也是24小時全天候不間斷的運作。

分臺目前錄製節目的方式已於民國90全面數位化，所有錄製的節目都會存在節目製播系統中，主控室再依節目表排播節目。主控室另一個重要的任務就是發送節目，分臺因為地理環境的關係，須將節目訊號發送到位於山上的卑南發設站，再將訊號轉送到全臺東縣，因此主控室也建置了發射機等相關設備。

因為分臺是長時間不間斷的服務聽眾，為了可以快速反應節目訊號問題，因此主控室也安裝了訊號告警系統。為了分臺與卑南發射站房舍安全，主控室另外也加裝了監控系統。為維持相關設備的運作，主控室也設置了不斷電系統。種種如此多的系統，全都在主控室負責處理，其重要性可見一般。